O Departamento de Engenharia Mecatrônica e de Sistemas Mecânicos da Escola Politécnica da USP tem como norma de incentivo oferecer um determinado número de vagas para os alunos do curso de graduação em Engenharia Mecatrônica realizarem atividades de pesquisa e extensão como uma forma de suplementação do processo de ensino em engenharia. Estes alunos recebem bolsas de Iniciação Científica, oferecidas ou pelas agências de fomento (FAPESP, CNPq e ANP), ou pelas fundações (FDTE e FUSP) ou pelo próprio Departamento por meio de fundos gerados através dos trabalhos de Extensão contratados junto à sociedade.

O programa de Iniciação Científica permite que alunos com bom desempenho escolar possam participar de projetos de pesquisa e desenvolvimento. A formação multidisciplinar oferecida pelo curso, aliada à sólida formação básica característica do ensino na Escola Politécnica da USP, faz com que os alunos de graduação do curso de Engenharia Mecatrônica sejam bem aceitos nos programas de Iniciação Científica, não apenas nos projetos desenvolvidos na própria Escola, como também em outras unidades da USP. Além disso, a região metropolitana de São Paulo concentra vários institutos e fundações de pesquisa, públicos ou privados, que também recebem um bom número desses alunos por ano.